Elle est organisée en sept départements fondés sur des pôles de compétences conduisant chacun plusieurs programmes : Gouvernance; Inclusion financière; Economie numérique; Economie Monétaire ; Management International ; Intégration Régionale et développement local; populations et sociétés. Un département de Coordination scientifique assure le lien entre les départements. Des doctorants ainsi que des personnes ressources dans divers domaines sont aussi mis à contribution. Ils assistent les chercheurs dans la réalisation des plans d’actions des départements.

Le CREDI dispense des formations pour : (i) renforcer les capacités internes de ses chercheurs, des doctorants, des étudiants, des personnels d’appui ; (ii) renforcer les capacités de cibles externes : Parlementaires, Elus locaux, Agents de l’administration centrale et locale. Les stratégies adoptées dans le cadre des formations consistent à impliquer, à côté des chercheurs du CREDI, d’autres universitaires locaux, des personnes-ressources issues du milieu professionnel national.